O I Encontro da Bacia, acontecido em Bom Jesus da Lapa, em outubro de 2005, serviu para estabelecer as bases, as linhas (terra, água, produção, educação e grandes projetos) e o modo de atuação da Articulação Popular do São Francisco (APSF).

A estrutura da APSF é formada por uma espécie de Conselho representativo das diversas entidades (quatro por cada uma das quatro regiões) e das equipes de CPT/PSF, para monitorar periodicamente a prática das decisões tomadas. Nas quatro regiões repete-se o mesmo esquema, com comitê (Alto), articulação (Médio), fórum (Submédio) e núcleos e articulação (Baixo).