A aqüicultura se faz crescente na região, principalmente aquela de cultivos em tanques-redes, propiciados pela existência dos grandes reservatórios oriundos do barramentos.
Contudo, a aqüicultura não faz parte da cultura tradicional do pescador, envolvendo habilidades e significados que estão bem distantes daqueles nos quais a pesca está inserida.
Além disso, o estado de desorganização social em que se encontram as colônias não contribui para uma atividade que exige um associativismo muito bem estruturado.

A CODEVASF implantou seis Estações de Piscicultura, e vem apoiando a criação de pólos de aqüicultura em áreas que reúnem características e potencialidades para sua implantação, onde se destacam as seguintes regiões: norte do Estado de Minas Gerais; de Barreiras, no oeste do Estado da Bahia; Petrolina-Juazeiro, na fronteira dos Estados de Pernambuco e da Bahia; nos reservatórios de Itaparica, Paulo Afonso e Xingó, entre os Estados de Pernambuco, Bahia, Sergipe e Alagoas; do Baixo São Francisco, compreendendo parte dos Estados de Sergipe e de Alagoas; e o lago de Boa Esperança e a foz do rio Parnaíba, entre os Estados do Piauí e do Maranhão.

O Vale do São Francisco já dispõe de mais de 20 Estações de Piscicultura, a maioria de propriedade da iniciativa privada, produzindo dezenas de milhões de alevinos por ano, que são utilizados, principalmente, para a piscicultura comercial. A Companhia vem sendo de
fundamental importância para a ampliação dessas estações, ao fornecer tecnologia e matrizes selecionadas, ao treinar técnicos de instituições públicas e privadas e ao editar várias publicações técnicas.

Existem quatro Pólos de Piscicultura ao longo da Bacia do São Francisco. São eles:

• Pólo de Piscicultura do Norte de Minas Gerais
• Pólo de Piscicultura de Barreiras
• Pólo de Piscicultura de Petrolina/Juazeiro
• Pólo de Piscicultura de Paulo Afonso

Pólo de Piscicultura de Paulo Afonso
Com características semelhantes às demais regiões, no que se refere ao clima e à abundância de água, essa região vêm despontando como a maior produtora de pescado em tanques-rede do país. Nela se encontram implantados mais de 3,3 mil metros cúbicos de tanques-rede no reservatório de Xingó, sob o cuidado de associações de pequenos produtores. Dispõe, ainda, de uma infra-estrutura de criação de peixes em tanques construídos em terra, que deverá ser o suporte para a produção de alevinos, que são utilizados na recria nos tanques-rede.
Também, naquela região, está sendo implantado um grande complexo empresarial de criação de peixes em sistema de alto fluxo (raceway), numa associação de grupos norte-americanos e brasileiros, onde pretende-se, numa primeira etapa, produzir mais de 6,5 mil toneladas de pescado por ano e montar um sistema de integração com pequenos produtores. Além de tanques de criação superintensiva, o local vai dispor de fábrica de ração e de indústria de processamento de pescado.

Pólo de Piscicultura do Baixo São Francisco
A CODEVASF vem apoiando a criação de pólos de aqüicultura em áreas que reúnem características e potencialidades para sua implantação, em que se destacam as regiões norte de Minas Gerais, de Barreiras, no oeste da Bahia, em Petrolina/Juazeiro, na fronteira dos estados de Pernambuco e da Bahia, nos reservatórios de Itaparica, Paulo Afonso e Xingó, entre os estados de Pernambuco, Bahia, Sergipe e Alagoas e do baixo São Francisco, compreendendo parte dos estados de Sergipe e de Alagoas.
O Vale já dispõe de mais de 20 estações de piscicultura, a maioria de propriedade privada, produzindo dezenas de milhões de alevinos por ano, que são utilizados, principalmente, para a piscicultura comercial.
Pólos de piscicultura existem ao longo do rio São Francisco, no norte de Minas Gerais, em Barreiras (BA), Juazeiro (BA) e em Petrolina (PE)/Juazeiro, e no baixo São Francisco, abrangendo  parte dos estados de Alagoas e Sergipe, sendo reconhecido no país, por técnicos e empresários, como o de maior potencial para o desenvolvimento da piscicultura de águas interiores da América Latina.
Este último conta com mais de 14 mil ha potenciais, e já tem cerca de 650 produtores em atividade, e um mil ha de viveiros de criação de peixes. Nessa região, encontram-se instaladas nove estações produtoras de alevinos, com 87,3 ha de espelho d'água e com capacidade de produção de 42 milhões de alevinos por ano. (1) Instalada na região do Lago de Itaparica está a Netuno, uma das maiores empresas do setor.
Em visita a estas fazendas de tilapicultura, durante a Semana Santa de 2008, agentes do Conselho Pastoral dos Pescadores (CPP) se surpreenderam com a quantidade de peixes boiando nos tanques, mortos, atrofiados pela superpopulação e com doenças causadas por agentes infecciosos (bactérias, fungos e vírus). Sob estresse, a tilápia morre agonizada nos tanques sem oxigênio, contaminando outros peixes.
Outro fato chocante é os criadores utilizarem antibiótico na ração dos bichos para aumentar o tamanho deles. Tal prática é comum e ocorre sem nenhuma fiscalização, de forma oculta.

(1) Cf. ANA, Estudo Técnico de Apoio ao PBHSF – Nº 15. Desenvolvimento da Pesca e Aqüicultura. 2004 http://www.ana.gov.br/prhbsf/arquivos/Estudos/ET%2015%20Pesca%20Aquicultura.pdf